Information
Sommaire
Encadrement
Pour toute question relative aux biostatistiques dans le cadre de la FST, contacter Pascal Roy. Pour toute question relative à la bioinformatique dans le cadre de la FST, contacter Claire Bardel ou Anne-Sophie Denommé-Pichon.
Enseignements en présentiel
Première semaine de cours
La première semaine de cours s'est déroulée du 10 au 14 février 2020, à la faculté de médecine et de pharmacie de Lyon, sur le site Rockefeller. Vous trouverez toutes les informations pour vous rendre sur le site (en particulier depuis la gare de Lyon Part-Dieu), ici [1], en particulier, en cliquant sur « plan d'accès (pdf)».
La formation a lieu en salle INFO 8, qui est située dans le bâtiment principal (cliquez sur "Plan du domaine Rockefeller" pour visualiser les lieux), au 1er étage au niveau de l'aile C. Il est conseillé de monter au 1er étage directement en prenant le grand escalier extérieur qui mène à l'accueil puis de prendre le couloir de droite (qui passe du côté de l'aile D puis arrive à l'aile C). Le couloir des salles informatiques est bien identifié, sur la droite en arrivant depuis le couloir. Des PC portables sous Linux et sous Windows (les deux OS seront utiles pour la formation), et les comptes informatiques vous permettant de vous connecter seront fournis. Il y a un restaurant universitaire sur le site ainsi qu'une cafétéria universitaire.
Le planning de la formation est le suivant.
Lundi : 8 h - 11 h : introduction à Linux et au shell (Anne-Sophie Denommé-Pichon) 11 h - 12 h : TP de biostatistique (Pascal Roy) 14 h - 17 h : bases de données de variations et de phénotypes (Jean Muller et Anne-Sophie Denommé-Pichon)
Mardi : 8h - 18 h : pipeline d'analyse de données NGS (des données brutes en sortie de séquenceur, jusqu'au fichier VCF) (Yannis Duffourd et Claire Bardel)
Mercredi : 8 h - 12 h : introduction à Python (Yannis Duffourd) 14 h - 18 h : TP de biostatistiques
Jeudi : 8 h - 12 h : genome browsers et IGV (Aurélien Trimouille et Kévin Yauy) 14 h - 18 h : TP de biostatistiques
Vendredi : 8h - 11h : intégrité des données, sécurité et réseau (Jérémie Roquet et Anne-Sophie Denommé-Pichon) 11 h - 13 h et 14 h - 15 h : système de gestion de version (Jérémie Roquet et Anne-Sophie Denommé-Pichon) 14h - 18 h : interprétation des variations génétiques en pathologie humaine (Antonio Vitobello)
Deuxième semaine de cours
La deuxième semaine de cours se déroulera à Lyon du 25 au 29 mai 2020.
